České Budějovice jsou se železnicí přímo historicky spjaté. Začalo to koněspřežkou a zatím bude končit IV. železničním koridorem. Železnice protíná město od severu k jihu a tvoří dnes i výraznou umělou bariéru pro automobilovou i pěší dopravu. Má však jednu obrovskou výhodu. Nemá křižovatky, má vždy přednost, nikdo jiný na kolejích nepřekáží. To jsou přímo ideální podmínky pro zahrnutí železnice do systému městské a příměstské dopravy osob.
